Действительный статский советник (с 6.04.1914). Окончил Лазаревский институт восточных языков, в 1892-1894 учился на учебном отделении МИД по подготовке специалистов со знанием восточных языков. В службе с 1.09.1892, в классном чине с 20.02.1893. С 1896 работал в Азиатском (затем 1-м) департаменте МИД делопроизводителем VIII класса, с 6.11.1898 - VII класса, c 21.09.1903 - VI класса, занимался делами, касающимися взаимоотношений России с цинским Китаем. 20.02.1896 произведён в титулярные советники, 20.02.1899 - в коллежские асессоры, 20.02.1903 - в надворные советники. С 1908 - консул в Триесте.
С 5.10.1909 - 1-й секретарь миссии в Пекине. В апреле 1910 совершил ознакомительную поездку из Пекина на юг Китая, а в мае в связи с отъездом посланника в Пекине И.Я. Коростовца в отпуск Щёкин управлял делами миссии в китайской столице.
С 20.12.1911 по апрель 1912 исправлял должность поверенного в делах. За добросовестное исполнение этих обязанностей министр иностранных дел С.Д. Сазонов 12.05.1912 ходатайствовал о его награждении перед имп. Николаем II, который 15.05 изъявил на это своё согласие. С 1913 советник посольства в Токио. 16.03.1913 Департамент личного состава и хозяйственных дел МИД возбудил ходатайство о пожаловании Щёкину звания камергера при Высочайшем дворе. 7.03.1916 Щёкин телеграммой сообщил в Петроград о своём вступлении в управление посольством России в Токио. 23.10.1917 находившегося в Петрограде Щёкина назначили посланником в Персии. Через два дня произошла Октябрьская революция и Щёкин отправился через Багдад и Индию в Японию, где в эмиграции он стал управляющим российского посольства, во главе которого стоял В.Н. Крупенский. За службу награждён орденами Св. Станислава 3-й степ. (13.04.1897), Св. Анны 3-й степ. (9.04.1900), Св. Станислава 2-й степ. (6.04.1903) и Св. Анны 2-й степ. (1906), а также орденами Короны командорского креста (Румыния, 20.09.1896), Св. Александра 3-й степ. (Болгария, 2.03.1897), Белого Слона 4-й степ. (Сиам, 9.07.1897), Почётного легиона кавалерского креста (Франция, 12.09.1897), Меджидие 3-й степ. (Османская империя, 8.09.1900), Золотой Звезды 3-й степ. (Бухара, 27.02.1902), Восходящего Солнца 4-й степ. (Япония, 13.08.1902), Льва и Солнца 2-й степ. со звездой (Персия, 13.09.1905), Франца-Иосифа 2-й степ. (Австро-Венгрия, 1906), Золотой Звезды 2-й степ. (Бухара, 1906), Восходящего Солнца 3-й степ. (Япония, 1908), Данеброга командорским крестом 1-й степ. (Дания, 1912). Имел медали Красного Креста, в память царствования имп. Александра III и 300-летия царствования Дома Романовых, в 1910 и 1912 удостоен Высочайших благодарностей, в 1912 - Высочайшего благоволения.
По воспоминаниям С.В. Чиркина, встречавшегося со Щёкиным в Японии, "он казался суровым и грубоватым человеком... Щёкин (он был родом из богатой семьи) никогда не производил впечатление избалованного дипломата ни дома в министерстве, ни за границей... независимо от большого жалования по должности, он был человеком с солидными личными сребствами и жил очень независимо. Из-за болезни сердца он не пил ничего, кроме шампанского... Был он очень интересным собеседником, хотя и не особенно изысканным в выражениях, и доминирующим лицом в разговоре; приходилось больше слушать, но было что послушать. После завтрака он показал мне свою великолепную коллекцию клинков, достоинства которой даже такой профан как я не мог не отметить". "Вечно недовольным" называл его и сотрудник посольства Д.И. Абрикосов. Скончался скоропостижно в Токио: по воспоминаниям Абрикосова, "однажды утром советник Щёкин пожаловался на боль в груди. Когда мы с ним возвращались с работы, он проговорил: "Старость не радость". Это были его последние слова, обращённые ко мне. Полчаса спустя я получил сообщение о том, что он мёртв".
Ценитель живописи, Щёкин в период службы в Триесте подарил около 70 итальянских картин мастеров XIV-XV вв. только что открывшемуся Музею изящных искусств в Москве (ныне Государственный музей изобразительных искусств им. А.С. Пушкина).
