Граф (с 8.04.1798), действительный тайный советник (с 24.11.1782). Из дворянского рода, происходившего из Дании, в конце XVII в. переселившегося в Швецию, а затем в Прибалтийский край. Родился в Везенберге в семье статского советника Иоахима-Иоанна фон Сиверса (1699-1770), бывшего управляющим у барона Тизенгаузена, от брака с Анной-Магдалиной фон Сиверс (1710-1762) (родители были двоюродными братом и сестрой). Получил домашнее образование. В 1744 его дядя К.Е. фон Сиверс, пожалованный императрицей Елизаветой Петровной из форейторов в камер-юнкеры (впоследствии он стал графом и обер-гофмаршалом) вызвал его в С.-Петербург и поместил юнкером (писцом) в Коллегию иностранных дел (с детства Сиверс обладал прекрасным почерком). Затем служил при российском посольстве в Копенгагене, а с 1748 — в Лондоне; одновременно занимался науками и языками. 2.01.1756 перешёл на военную службу, получил чин премьер-майора и назначен дивизионным квартирмейстером. Будучи подполковником Невского полка, принял участие в Семилетней войне 1756—1762: участвовал в сражениях при Гросс-Егерсдорфе (август 1757), Цорндорфе (август 1758) и в осаде крепости Кольберг; в 1759—1760 состоял секретарем прусско-русской комиссии для размена военнопленных. 1.06.1758 произведён в бригадиры, 3.03.1760 - в генерал-майоры. В 1761—1762 находился в заграничном отпуске, посетил Моравию, Австрию, Швейцарию и Италию. В 1762, после воцарения Екатерины II, по болезни вышел в отставку.
В апреле 1764 назначен Новгородским губернатором. «Выбор Сиверса в губернаторы,— писал историк С.М. Соловьев,— принадлежал к числу самых удачных выборов Екатерины. Сиверс имел то, что так редко можно было тогда найти между областными правителями: приготовление к деятельности, образование, бывалость за границею не по-пустому, но с обращением внимания на тамошние явления». Найдя дела в губернии в плачевном состоянии, он составил для императрицы докладную записку об улучшениях, настаивая, главным образом, на немедленном размежевании земель, на мерах к сохранению лесов, на учреждении сельскохозяйственного общества». Вместе с тем Сиверс составил ряд проектов по разным отраслям управления своей губернии; многие из них были приняты Екатериной II и в значительной части вошли в губернские инструкции и в Полное собрание законов. Сиверс сделал очень много для вверенного ему края; предметом его забот было решительно всё — сельское хозяйство (он впервые ввел в 1765 в губернии производство картофеля), соляное дело, торф, каменный уголь, управление казенными крестьянами, дороги, водные пути сообщений, постройки, школы, рекрутская повинность и т. д. Особое внимание он обращал на положение крепостных крестьян, будучи одним из первых пропагандистов наделения их землей и защитником их от произвола помещиков. Большое внимание уделял развитию водных путей сообщения. За его труды по проведению соединительного канала между Волховом и устьем реки Мсты впоследствии император Александр I назвал этот канал Сиверсовым. Он принимал большое участие в составлении «Учреждения о губерниях», предложив введение большего числа губерний с уездами в меньших против прежнего размерах, а также ряд мер по упорядочению отношений между сословиями. Был одним из инициаторов учреждения Вольного экономического общества (1765). 30.07.1771 получил чин генерал-поручика. В 1776, с образованием Тверской и Псковской губерний, назначен генерал-губернатором (или наместником) Новгородским, Тверским и Псковским. Ему было поручено открыть наместничество в Твери. За труды по открытию и устройству наместничеств Сиверс в 1777 получил от императрицы 20 тыс. руб. единовременно и имение в Полоцкой губернии. Однако постоянные столкновения Сиверса с Сенатом, неприязнь светл. князя Г.А. Потёмкина и скандальный разрыв его с женой вызвали к нему охлаждение Екатерины II. В июне 1781 вышел в отставку и свыше 10 лет прожил в своем имении в Лифляндии, занимал должность ландрата.
В 1792 Сиверс вновь был призван на службу и до 1793 занимал пост чрезвычайного и полномочного посла в Польше. Проявив решительность и инициативу, провел в исполнение план второго раздела Польши между Россией, Австрией и Пруссией. Благодаря его энергичным действиям был подписан в Гродно трактат между Россией и Польшей. Получил от императрицы 2 тысячи душ крестьян в Минской губернии. Выйдя в отставку, он последние годы царствования Екатерины II проживал то в С.-Петербурге, то в своем имении. Имп. Павел I 22.12.1796 назначил его сенатором. Одновременно ему было поручено главное опекунство над Петербургским и Московским воспитательными домами. В 1797 возглавил «управление водяных коммуникаций». Указом Павла I 8.04.1798 возведён, вместе с двумя братьями, с нисходящим их потомством, в графское Российской Империи достоинство. За службу удостоен всех высших российских орденов: Св, Александра Невского (1775), Св. Владимира 1-й степ. (1793), Св. Апостола Андрея Первозванного (1793), а также орденов Белого орла и Св. Станислава (1793, Польша) и Кармельской Богоматери и Св. Лазаря Иерусалимского (1799, роялистская Франция). 9.05.1800 окончательно вышел в отставку. Последние годы жизни провел в имении Бауэнгоф в Лифляндии, где и скончался в возрасте 76 лет; похоронен там же.
По словам историка Н.И. Костомарова, «несмотря на старость, это был человек в высокой степени деятельный и проницательный, легко схватывающий положение, в котором находился, узнающий насквозь и оценивающий людей, не пылкий, не заносчивый, но ни на минуту не терявший своего достоинства, хладнокровно рассматривающий вещи в их надлежащем виде, не злой и не упрямый, не делавший ничего по своенравию, безмерно терпеливый, мягкий к человеческому несчастию, но твердый как камень в исполнении избранного средства, неподатливый впечатлениям и потому неспособный ни выйти из себя, ни дать провести себя. Для него в деле было одно дело; добродушный с виду и с постоянною простодушною улыбкою, вежливый в обращении, он умел помолчать там, где нужно было молчанием сказать более, чем языком, говорил мало и дельно». Современники считали его «умным, деятельным и строгим». Редкая энергия, трудолюбие и терпение являлись главными чертами этого замечательного администратора, которого Екатерина II называла «своим губернатором».
В честь Сиверса назван построенный по его инициативе Сиверсов канал, соединяющий реки Мста и Волхов в системе Вышневолоцкой водной системы, и малая планета 22253 Sivers. Также имя Сиверса носил катер на воздушной подушке «Хивус-48» компании «Логопром — Борский перевоз».
От брака с графиней Елизаветой Карловной Сиверс (1746-1818), дочерью обер-гофмаршала графа К.Е. Сиверса (своей двоюродной сестрой), имел трёх дочерей: графиню Катарину Яковлевну (1770-1844), замужем за генерал-лейтенантом К.И. фон Гинцелем, бывшим Выборгским губернатором (1785-1793); графиню Бенедикту Яковлевну (1773-1799), замужем за саксонским камергером, графом В. Шёнбург-Вексельбургом (затем развелись); графиню Элизабет Яковлевну (1776-1865), замужем за тайным советником, бароном Б.И. фон Икскулем, бывшим Эстляндским губернатором (1808-1818).
