Действительный статский советник (с 18.04.1910), шталмейстер (1909). Из дворянского рода Могилёвской губернии. Сын генерала от кавалерии, Бессарабского губернатора (1871-1879), товарища министра внутренних дел (1887-1895) Николая Игнатьевича Шебеко (1834-1904) и племянницы жены А.С. Пушкина Марии Ивановны Гончаровой (1839-1905). Родился в С.-Петербурге. В 1879 поступил в Пажеский корпус экстерном, по его окончании 14.08.1884 произведён корнетом в Кавалергардский полк. В 1886 командирован в лейб-гвардии Московский полк для изучения правил одиночного обучения и ношения разных предметов солдатского снаряжения и обмундирования, в 1888 назначен заведующим военно-практической телеграфной станцией. В 1889 произведён в поручики. С 13.10 по 10.11.1891 заведовал полковой школой солдатских детей, затем вновь заведовал телеграфной станцией. В 1894 произведён в штабс-ротмистры и командирован за границу ординарцем при генерал-адъютанте князе А.К. Имеретинском, которому было поручено сообщить королевским дворам Испании и Португалии о восшествии на престол имп. Николая II. В это время решил перейти на дипломатическую службу.
29.04.1895 вышел в отставку с зачислением в запас гвардейской кавалерии (уволен из запаса в 1896), 2.05. написал прошение о зачислении в МИД, в том же месяце был принят сверхштатным чиновником в Департамент внутренних сношений МИД. 7.03.1896 назначен состоять при канцелярии министерства сверх штата. С 14.05.1897 - 3-й секретарь канцелярии МИД. С 11.11.1897 2-й секретарь посольства в Вене (посол П.А. Капнист иронически замечал, что бывший офицер Шебеко привык больше владеть шпагой, чем пером). 17.05.1898 произведён в надворные советники. 20.10.1899 назначен 1-м секретарём миссии в Копенгагене. В 1902 после отзыва посланника А.К. Бенкендорфа исполнял обязанности поверенного в делах. 1.12.1903 назначен 1-м секретарём посольства в Париже. 1.04.1901 пожалован в камергеры, 17.05.1902 произведён в коллежские советники, а 17.05.1904 - в статские советники.
С 1906 - представитель МИД в Государственной думе. Во время работы в России занимается обустройством усадьбы Горшково в Мологском уезде Ярославской губернии, которую купил в 1905 у наследников П. М. Азанчевского-Азанчеева. Молочное производство, которое Шебеко организовал в усадьбе, вскоре вышло на лидирующие позиции в губернии. Из переработанного в сливки молока в усадьбе делалось первоклассное русское сливочное масло, которое на Парижской выставке в начале ХХ в. завоевало большую медаль и стало называться «Парижское», а при советской власти «Вологодским». Варились в усадьбе и сыры, которые пользовались большим спросом в обеих столицах. По воспоминаниям старожилов, Шебеко с утра закатывал штаны, снимал рубаху и вставал на покос в один ряд с крестьянами.
26.07.1909 Шебеко получил назначение советником посольства в Берлин, где часто временно исполнял обязанности посла. В Германии сблизился с французским послом Ж. Камбоном, который вспоминал впоследствии о нём: «Господин Шебеко смог хорошо разобраться в отношениях Германии и России; он внёс свою лепту в создание благоприятных условий для хороших отношений двух империй и работал над их развитием во время своего пребывания в Берлине. Это был ещё молодой человек с острым умом и военнйо выправкой... До начала дипломатической карьеры он служил в кавалергардах и привнёс в нашу профессию точность и понимание трудностей, могущих возникнуть в будущем».
22.03.1912 назначен посланником в Румынии. Как отмечал А.В. Неклюдов, «Петербург был заинтересован в установлении хороших отношений с румынской королевской семьё, и не кто иной, как Шебеко с его очаровательной женой, мог этому способствовать». Подозревая короля Карла I в неискренности («он остался прежде всего и больше всего образом мышления и симпатиями немецким принцем - Гогенцоллерном до мозга костей»), Шебеко отмечал, что смотреть как на «вражескую страну» на Румынию нельзя. 18.10.1912, когда балканские государства объявили войну Турции, указывал российскому МИДу на желательность побуждения Румынии к неучастию в этой войне с одновременной поддержкой её внешнеполитических притязаний. В этом вопросе Шебеко действовал согласованно с посланником Франции в Бухаресте Ж.К. Блонделем, который тоже просил своё правительство поддержать румынские требования. Сомневался в возможности выступления Румынии на стороне Австро-Венгрии в случае войны последней с Россией. После начала 2-й Балканской войны приложил все усилия к тому, чтобы вторгшаяся в Болгарию румынская армия не входила в болгарскую столицу Софию, и сыграл большую роль в подписании Бухарестского мирного договора 10.09.1913.
30.10.1913 назначен послом в Австро-Венгрии (верительные грамоты императору Францу Иосифу вручил 2.12) и находился на этом посту до начала первой мировой войны. Принимал участие в похоронах убитого в Сараево эрцгерцога Франца Фердинанда. Покинул Вену 25.07.1914. Л. Альдрованди Марескотти, бывший в то время поверенным в делах Италии в Вене, вспоминал: «Посол Шебеко на вокзале жаловался на отсутствие Берхтольда [министр иностранных дел Австро-Венгрии - Прим. составителя] в эти роковые дни. "Однако, - сказал мне Шебеко, - из разговоров, хотя и запоздалых, которые мне удалось вести с Берхтольдом, я вынес впечатление, что мы могли бы разрешить австро-сербский вопрос, если бы не произошло постороннего вмешательства". Шебеко присовокупил, что он получил от Берхтольда определённое заявление о том, что австро-венгерская мобилизация являлась лишь оборонительной мерой,а не выпадом против России, на что он, Шебеко, ответил аналогичным же чётким заявлением относительно русской мобилизации». В октябре 1915 ходили слухи о скором назначении Шебеко управляющим МИД. В декабре 1915 совершил поездку в Бухарест с личным письмом Николая II новому румынскому королю Фердинанду I и провёл конфиденциальные переговоры с румынской стороной.
За службу награждён российскими орденами, включая Св. Станислава 2-й степ. (18.04.1899), Св. Анны 2-й степ. (14.04.1902), Св. Владимира 4-й степ. (1908), Св. Станислава 1-й степ. (1913), Св. Анны 1-й степ. (1915), удостоен также иностранных орденов Грифа (Мекленбург-Шверин, 1890), Кн. Даниила I 4-й степ. кавалерского креста (Черногория, 1894), Изабеллы Католической командорского креста (Испания, 1895), Христа Спасителя командорского креста со зведой (Португалия, 1895), Св. Александра 4-й степ. (Болгария, 5.11.1896), Почётного легиона кавалерского креста (Франция, 12.09.1897), Короны 3-й степ. (Пруссия, 19.01.1898), "За гражданские заслуги" 3-й степ. (Болгария, 29.10.1898), Железной Короны 3-й степ. (Австро-Венгрия, 29.07.1900), Почётного легиона офицерского креста (Франция, 1907), Красного орла 2-й степ. (Пруссия, 1910). Имел также медали в память царствования имп. Александра III, коронации 1896, 300-летия Дома Романовых.
После Октябрьской революции в 1918 участвовал в деятельности Совета государственного объединения России, по поручению которого в ноябре 1918 ездил из Киева в Екатеринодар для установления контактов с Добровольческой армией, затем в Яссы для участия в конференции представителей Белого движения и держав Антанты. По итогам конференции была создана Ясская делегация, которая должна была стать прообразом полномочного органа, призванного отстаивать государственные интересы России перед Антантой. В её состав вошёл и Шебеко. С 1920 в эмиграции во Франции, занимался книготорговлей. В июле 1922 подписал обращение к британскому премьер-министру Д. Ллойд Джорджу в защиту православных священников, приговрённых советскими властями к смертной казни. Был членом Центрального комитета Русского народно-монархического союза (с 1922) и общества «Икона», председателем Союза Пажей. 5.12.1938 возглавил созданное в Париже Российское Монархическое Объединение. Умер в Ментоне, где жил с супругой в «Русском доме» (фактически доме престарелых), похоронен на кладбище «Старый замок».
Мемуары Шебеко, доведённые до 1914, в 1933 публиковались в газете «La Revue de France», их отрывки на русском языке печатались в эмигрантской газете «Возрождение».
От брака с княжной Анной Анатольевной Куракиной (1871-1958) имел сыновей Александра (1892-1927) и Георгия (1895-после 1938), кавалергардов, участников Белого движения.
