Тайный советник (с 5.04.1898). Из финского рода, один из представителей которого, С.Б. Кояндер, в 1758 перешел на русскую службу. Сын Ивана Александровича Кояндера (1815-1847) и Аграфены Алексеевны Цемп. Родился в Москве. По окончании Лазаревского института восточных языков 1.08.1865 поступил на службу в МИД, до 1867 учился на учебном отделении МИД по подготовке специалистов со знанием восточных языков. В 1868 студент при российском посольстве в Константинополе в чине губернского секретаря, затем секретарь и драгоман консульства в Янине, в 1869-1870 секретарь и драгоман генерального консульства в Трабзоне, с 1870 студент, а с 1.07.1871 секретарь миссии в Пекине. В 1869 произведён в коллежские секретари, в 1871 - в титулярные советники. В 1873 после отъезда посланника А.К. Влангали возглавил миссию в качестве поверенного в делах до приезда в 1874 нового посланника Е.К. Бюцова. В 1873 произведён в коллежские асессоры, в 1875 - в надворные советники, в 1881 - в коллежские советники, в 1883 - в статские советники.
С 2.07.1883 министр-резидент в Черногории, с 26.02.1884 дипломатический агент в Болгарии. Полагал, что порядок в стране может восстановить только согласие между двумя конфликтующими лидерами либеральной партии - премьер-министром Д. Цанковым и П. Каравеловым, в итоге добился согласия Цанкова на включение Каравелова в состав правительства. Когда 12.07.1884 князь Александр Баттенберг назначил Каравелова премьером, Кояндер советовал российскому правительству ориентироваться на партию, стоящую у власти, то есть либералов (Цанков вступил в контакт с консерваторами для совместных действий против Каравелова). Доносил до князя позицию России против присоединения к Болгарии Восточной Румелии, объясняя это несвоевременностью момента. На это князь заявил, что Россия «не желает и признаёт вредным именно объединение Болгарии». Кояндер приписал это замечание желанию «уронить Россию в глазах любящих своё отечество болгар». Многотысячные митинги в Софии в пользу объединения Кояндер воспринимал только через призму личной неприязни князя к России. Недооценивал общенародный характер этого стремления, считая его только манёвром «партий, потерявших в стране популярность и значение». Позиция Кояндера мешала российскому МИД разобраться в реальной обстановке и настроениях в Болгарии. Министр Н.К. Гирс, невысоко оценивая дипломатические способности Кояндера, предписывал ему не торопиться с решениями, считая, что «осторожность особенно необходима для г. Кояндера как для человека нового, чтобы удержать от действий, могущих поставить его в ложное положение». 24.03.1885 произведён в действительные статские советники.
С 3.06.1886 дипломатический агент и генеральный консул в Египте. Выступил инициатором официального визита в Россию в 1888 сыновей египетского хедива Тауфика - Аббаса-бея и Мухаммеда-Али. С 10.09.1902 чрезвычайный посланник и полномочный министр в Португалии. По свидетельствам коллег, отличался большой доступностью и прекрасным отношением к подчинённым. Ф.Р. Остен-Сакен писал о нём в дневнике: «Ничего не могу сказать про Кояндера, ни в хорошем, ни в дурном смысле. Служил с ним некоторое время в Азиатском департаменте [МИД], а потом встретился [с ним] в Константинополе, и больше ничего. Кажется, [он] человек — весёлый». Скончался в городе Уши (Швейцария) от разрыва сердца и погребён на кладбище Монтуа (Montoie) в Лозанне.
За службу удостоен российских, включая Св. Анны 2-й степ. (1880), Св. Владимира 3-й степ. (1881), Св. Станислава 1-й степ. (9.04.1889), Св. Анны 1-й степ. (16.03.1893), Св. Владимира 2-й степ. (14.04.1902), и иностранных орденов, включая Спасителя кавалерского креста (Греция, 1869), Льва и Солнца 3-й степ. (Персия, 1872), Данеброга кавалерского креста (Дания, 1884), Кн. Даниила I 2-й степ. (Черногория, 15.05.1884), Меджидие 1-й степ. (Османская империя, 5.04.1889), Почётного легиона командорского креста (Франция, 18.11.1892) и Османие 1-й степ. (13.08.1902). Имел также знак отличия за 40 лет беспорочной службы на Владимирской ленте (22.08.1909).
Был женат на Варваре Константиновне Сементовской-Курилло (1861-1910), сестре Д.К. Сементовского-Курилло.
