Тайный советник (с 19.01.1816). Родился в городе Корфу на одноимённом острове в греческой аристократической семье, выселившейся в конце XIV в. из городка Капо д’Истрия. Сын Антона (Антонио-Марии) Каподистрии (1741-1819), занимавшего разные почётные должности на службе у венецианского правительства, от брака с Адамантиной Гонемис, дочерью Х. Гонемиса. В 1798 окончил Падуанский университет, где изучал медицину, слушал курсы политических наук, философии, права. По возвращении на Ионические острова занимался врачебной практикой. В 1803—1806 статс-секретарь по иностранным делам Республики Семи Соединенных островов (Ионической Республики), созданной в 1800 в ходе Архипелагских экспедиций русского флота. После передачи, по Тильзитскому миру, российского протектората над Ионическими островами французам, Каподистрия в мае 1808 приглашён на российскую службу и в январе 1809 прибыл в С.-Петербург. 20.04.1809 произведён в статские советники и причислен к Коллегии иностранных дел. С августа 1811 сверхштатный секретарь российского посольства в Вене. С июня 1812 заведовал дипломатической канцелярией главнокомандующего Дунайской армией адмирала П.В. Чичагова. 8.11.1812 произведён в действительные статские советники. В 1813 управлял дипломатической канцелярией генерала от инфантерии М.Б. Барклая де Толли. После битвы под Лейпцигом в конце 1813 по поручению Александра I под видом путешественника Каподистрия был направлен в Швейцарию для обеспечения свободного передвижения союзных войск по альпийским ущельям и содействия созданию независимого швейцарского государства. Сумел обеспечить нейтралитет Швейцарии на завершающем этапе кампании против Наполеона I и в 1814 был назначен российским посланником в этой стране (до 1815). Участвовал в разработке общих принципов государственного устройства и в определении статуса международного нейтралитета Швейцарской Конфедерации. Способствовал сохранению новых кантонов, возникших в стране на рубеже XVIII-XIX вв., против которых выступала бернская аристократия. В 1816 избран почётным гражданином кантонов Во и Женева, а также города Лозанна. Состоя при А.К. Разумовском, участвовал в работе Венского конгресса, официально не входя в число российских уполномоченных; проявил большие дипломатические способности, выступив достойным противником австрийского министра иностранных дел князя К. Меттерниха.
В августе 1815 назначен статс-секретарём по иностранным делам. В 1816—1822 вместе с графом К.В. Нессельроде возглавлял Министерство иностранных дел (ведал дипломатическими отношениями России со странами Востока, связями со славянскими народами). В эти годы Каподистрия пользовался особым доверием Александра I, являлся его ближайшим советником в балканских делах, сопровождал императора на конгрессы «Священного союза» в Аахене (1818) и Троппау (1820); много сделал для улучшения русско-французских отношений, выступил против участия России в подавлении восстания в Неаполе. Выступал за освобождение из-под гнёта Турции её европейских владений, за создание на Балканах ряда христианских государств под эгидой России. Вокруг Каподистрии группировались многочисленные эмигранты и выходцы из стран Балканского полуострова. Он был тесно связан со многими деятелями русской культуры (близкий друг Н.М. Карамзина и И.И. Дмитриева), состоял членом литературного общества «Арзамас»; оказывал помощь и поддержку многим ученым и писателям (благодаря ходатайству Каподистрии и Н.М. Карамзина была облегчена участь опального А.С. Пушкина — ссылка в Сибирь заменена службой на юге России). В июне 1818 избран почётным членом Петербургской АН.
Изменение внешнеполитического курса Александра I (отказ поддержать Греческую национально-освободительную революцию 1821—1829 и более тесное сближение с Австрией) привело к опале Каподистрии, который в 1822 взял бессрочный отпуск и выехал в Швейцарию, до 1827 жил в Женеве. В апреле 1827 избран президентом Греции (в июле 1827 уволен с российской службы). В качестве президента Греции являлся сторонником сближения с Россией. У Каподистрии было множество политических врагов, среди них числилась и семья Петробея (Мавромихали), посаженного им в тюрьму. Сын и брат Петробея, Георгий и Константин Мавромихали, жившие в Нафплионе под надзором полиции, напали на Каподистрия 9.10.1831 и убили его. Константин Мавромихали был на месте забит народом, а Георгий успел укрыться в доме французской миссии, но был выдан и казнён. В 1832 тело Каподистрии перезахоронено братом на кладбище монастыря Св. Богородицы в городе Корфу. Награждён высшими российскими орденами: Св. Анны 1-й степ. (25.09.1813), Св. Александра Невского (24.03.1816), Св. Владимира 1-й степ. (27.09.1818 или 27.09.1820), Св. Апостола Андрея Первозванного (1830), а также имел большой крест французского ордена Почётного легиона (1819), датский орден Слона (1819) и прусский орден Чёрного орла.
По отзывам современников, светлый и гибкий ум и обширные познания соединялись в нем с характером идеально бескорыстным, с истинной приверженностью к православию и крайней простотой нравов. В своей деятельности как российский министр, будучи искренне предан интересам своего нового отечества, Каподистрия выказал блестящие дарования ума и лучшие душевные качества.
