Барон, граф, действительный тайный советник (с 1808). Сын лютеранского пастора Магнуса Алопеуса (1716-1789) от брака с Марией Кристиной Теше (1730-1802). Родился в Выборге. Старший брат графа Д.М. Алопеуса, дед К.К. Бенкендорфа, прадед А.К. Бенкендорфа. Готовясь к духовному званию, изучал богословие в университетах Або и Геттингена, но по окончании университетского курса посвятил себя дипломатической карьере. Граф Н.И. Панин, возглавлявший Коллегию иностранных дел, приняв его на дипломатическую службу, приблизил к себе в качестве доверенного чиновника, а затем и правителя своей канцелярии. 5.05.1778 произведён в надворные советники.
После смерти Н.И. Панина Алопеус, пользовавшийся расположением цесаревича Павла Петровича (будущего императора Павла I), был назначен министром-резидентом ко двору епископа Любского в Эйтине (1784-1789), где служил посредником в секретной переписке цесаревича с прусскими королями Фридрихом II и Фридрихом-Вильгельмом II. 22.09.1785 произведён в статские советники. Часто бывая в Берлине, он сблизился с прусскими государственными деятелями: графом Герцбергом и любимцем молодого короля, племянника-преемника Фридриха Великого, генералом Бишофсвердером. Во время русско-турецкой войны 1787-1791 берлинский двор, действуя в согласии с Англией, занял положение, враждебное России, стал подстрекать Швецию к объявлению войны и сам заключил союз против нее с Польшей и Турцией. Алопеус, проезжая летом 1789 через Берлин, был принят королем и его министрами, беседовал с ними о причинах охлаждения между обоими дворами и, по приезде в С.-Петербург, выразил убеждение, что путем дружественных объяснений возможно отвлечь Пруссию от союза с враждебными России державами и восстановить прежние с нею отношения. Императрица Екатерина II, недовольная бездеятельностью своего посланника в Пруссии графа В. Нессельроде (отца будущего российского министра иностранных дел), решила отправить туда Алопеуса. Прибыв в Берлин осенью 1789 в качестве «простого путешественника», он оставался там до 1795, не имея официального дипломатического ранга. Место посланника продолжал занимать граф В. Нессельроде, которого в 1794 сменил С.А. Колычев, но дипломатические переговоры с прусским правительством вел исключительно Алопеус.
Сначала его усилия примирить берлинский двор с Россией не увенчались успехом. По смерти императора Иосифа II Пруссии удалось заставить преемника его, Леопольда II, заключить отдельно от России мир с Турцией. Разрыв с Пруссией казался неминуем, и прусские войска уже сосредоточивались вдоль прусской границы. Но когда, под давлением общественного мнения, английское правительство отказалось от мысли объявить России войну, то и Пруссия изменила свой образ действий, и граф Герцберг вступил в тайные переговоры с Алопеусом о примирении с Россией ценою уступки Пруссии польских городов Данцига и Торна. Заключение Ясского мира между Россией и Турцией, война, объявленная революционною Францией Германии, смерть Герцберга, наконец, события в Польше — содействовали сближению России с Пруссией, заключившими в июле 1792 союзный договор, последствием которого был состоявшийся в январе 1793 второй раздел Польши только между договаривавшимися сторонами, с исключением Австрии. Во всех этих переговорах Алопеус принимал деятельное участие и в 1792 сопровождал короля Фридриха-Вильгельма II в поход во Францию, окончившийся полной неудачей и поспешным отступлением союзников обратно за Рейн. Нерешительный образ действий Пруссии против Франции и вскоре последовавшее заключение между ними, весной 1795, отдельного мира в Базеле, снова породили охлаждение между Петербургом и Берлином, и хотя в октябре 1795 состоялся третий и окончательный раздел Польши в пользу трех держав: России, Австрии и Пруссии, но Алопеус, как persona gratissima при прусском дворе и усердный сторонник тесного единения с Пруссией, был отозван из Берлина. Влиятельные русские дипломаты того времени, Безбородко и братья Воронцовы, обвиняли Алопеуса в пристрастии и потворстве Пруссии, подозревая его даже в забвении долга и принесении русских интересов в жертву выгодам берлинского двора.
В 1795—1796 он состоял министром-резидентом при Германском союзном сейме в Регенсбурге. В ноябре 1796, после вступления на престол императора Павла I, издавна благоволившего к Алопеусу, он был вызван в С.-Петербург и назначен членом Коллегии иностранных дел; по поручению императора вел переговоры о браке вел. княжны Елены Павловны с наследным принцем Мекленбург-Шверинским. 5.04.1797, в день коронации императора, ему пожалованы чин тайного советника и 600 душ крестьян в С.-Петербургской губернии. Однако после назначения на должность первенствующего члена Коллегии иностранных дел графа Ф.В. Ростопчина, крайне нерасположенного к Алопеусу и считавшего его «пруссаком телом и душою», в 1800 был уволен от службы.
В 1801, при вступлении на престол императора Александра I, вновь принят на службу и назначен министром-резидентом при дворе ландграфа Гессенского в Касселе. В 1802—1806, занимая пост чрезвычайного посланника и полномочного министра в Берлине, содействовал сближению Пруссии с Россией. В первые годы александровского царствования Алопеус, лично дружный с обоими главными министрами короля Фридриха-Вильгельма III, графом Гаугвицем и бароном Гарденбергом, содействовал сближению Пруссии с Россией, которого желал император, но которому угрожали виды князя А. Чарторыйского. Последний заменил во главе русского Министерства иностранных дел канцлера А.Р. Воронцова и стремился вызвать разрыв между обоими дворами, представлявшийся ему единственным способом осуществить заветную мечту о восстановлении Польши. Осенью 1805 дело едва не дошло до полного разрыва, вследствие отказа берлинского двора в свободном пропуске через прусские владения русских войск, направленных на помощь Австрии, объявившей войну Наполеону, но Алопеус употребил все усилия, чтобы не допустить до этого. Он задержал ультиматум русского двора, возвещавший о предстоявшем вступлении русских войск в прусские пределы, вопреки ясно выраженному несогласию короля, и предложил обоим монархам уладить недоразумение посредством личного свидания. Между тем, нарушение Наполеоном нейтралитета Пруссии в ее франконских областях побудило берлинский двор изменить первоначальное решение и дозволить русским отрядам проследовать в Богемию через Силезию. Последствием было прибытие Императора Александра в Берлин, клятва в вечной дружбе, принесенная им и королем Фридрихом-Вильгельмом III на гробнице Фридриха Великого, и заключение 29.10 в Потсдаме союзного договора, по которому Пруссия обязалась приступить к коалиции против Франции. Договор этот, в качестве второго уполномоченного России — первым был князь Чарторижский и третьим князь Долгоруков — подписал Алопеус. Но неудачный исход Аустерлицкого сражения снова изменил направление прусской политики. Король старался заручиться расположением победителя и, приняв из рук Наполеона принадлежавший королю великобританскому Ганновер, заключил с Францией оборонительный и наступательный союз. Не желая, однако, прерывать связи своей с Россией, Фридрих-Вильгельм III старался обеспечить себя на всякий случай поддержкой императора Александра. Дабы не возбуждать подозрительности Наполеона, Aлопеус был формально отозван из Берлина и заменен в звании посланника графом Г.О. Штакельбергом, но продолжал вести тайные переговори с бароном Гарденбергом, также уволенным, в угоду Франции, от звания прусского министра иностранных дел. Переговоры эти велись в глубочайшей тайне, при деятельном участии королевы Луизы, и привели в июле 1806 к обмену союзной декларации, в силу которой король обязался не принимать участия в войне Франции против России, а император обещал «употреблять постоянно большую часть своих сил на защиту Европы и все силы Российской империи на поддержание независимости и неприкосновенности прусских владений».
Три месяца спустя, вспыхнула война между Францией и Пруссией. Алопеус сопровождал короля Фридриха-Вильгельма III в поход, но после разгрома прусской армии под Иеной и Ауэрштедтом, отвезя в Штеттин наследную герцогиню Саксен-Веймарскую, вел. княгиню Марию Павловну, сам удалился в Шлезвиг, где и оставался до февраля 1807, когда Александр отправил его с чрезвычайным поручением в Лондон. Алопеусу удалось побудить великобританское правительство принять более деятельное участие в войне с Францией отправлением сильной эскадры к балтийским берегам. Тильзитский мир положил конец его дипломатической деятельности. Страстный противник Франции, он, после заключения мира, желая содействовать попытке сент-джемского кабинета отвлечь Россию от союза с Наполеоном, рекомендовал русскому посланнику в Штеттине В. Г. Лизакевичу отправленного с этой целью в Петербург полковника английской службы Вильсона и даже пригласил Лизакевича оказать содействие этому агенту в переговорах с датским двором. Самовольный поступок этот навлек на Алопеуса неудовольствие государя, о котором известил его министр иностранных дел, граф Румянцев, предписав Алопеусу, вследствие состоявшегося разрыва с Англией, немедленно оставить Лондон со всеми чинами русского посольства. В первых числах декабря 1807 Алопеус выехал из Лондона и, высадясь в Гамбурге, сам просил об увольнении от службы. Просьба его была уважена.
Страстный противник Франции, он в 1808—1813 прожил в отставке в Германии. В 1813 Алопеус в третий раз возвратился на службу и назначен состоять при прусском министре бароне Г.-Ф.-К. Штейне, управлявшем территорией, занятой союзными армиями. За службу удостоен российских орденов Св. Владимира 3-й степ., Св. Владимира 2-й степ. (2.09.1793), Св. Анны 1-й степ. (24.03.1798) и Александра Невского (5.05.1799). В 1815 по собственному желанию вышел в отставку с пенсией. В 1819 был возведён в баронское достоинство Финляндии, в 1820 - в польское графское достоинство. Последние годы жизни провел в южной Германии и скончался во Франкфурте-на-Майне на 75-м году жизни.
Масон, в начале 1770-х член ряда лож в Гамбурге. В этот же период стал мастером стула с.-петербургской ложи «Гигея». Современники отмечали причудливую внешность Алопеуса («имел внешность выскочки из мужиков»), пылкий характер, хитрый, тонкий ум и отличные дипломатические способности.
От первого брака с Софией Луизой фон Кваст (1765-1797) имел дочь Наталью Максимовну (1796-1823), замужем за К.Х. Бенкендорфом. Вторым браком (с 1799) был женат на Луизе-Шарлотте-Августе фон Вельтхейм (1768—1851).
